“第一个是基础研究。基础研究是整个科学体系的源头，是所有技术问题的总机关。高水平研究型大学是国家战略科技力量的重要组成部分，同时是基础研究的主力军。”丁奎岭代表认为，当前在基础研究方面应该做好“三个区”：
一是“集中区”，主要指面向战略导向的体系化基础研究。国家重大战略需求是助力国家综合实力提升最有效、最急迫的切入点与着力点。要“集中力量办大事”，瞄准“大科学”“大工程”问题，把论文写在祖国大地上。如上海交大面向海洋强国战略，制定实施“大海洋”专项行动计划，建立“深海重载作业装备”集成攻关大平台，全力推进上海长兴岛海洋装备研究基地和“深远海全天候驻留浮式研究设施”国家重大科技基础设施的落地，构建了从科学到工程、产业全链条系统化科研体系。
二是“自由区”，主要指面向前沿导向的探索性基础研究。前沿领域的自由探索是揭示自然奥秘、拓展人类认知边界的重要途径，要打造新型的科技创新平台，致力于产出具有前瞻性、颠覆性的原始性成果。上海交大在科技部、教育部、上海市的支持下，对接张江综合性国家科学中心建设，聚焦世界科学前沿，建设李政道研究所、张江高等研究院、变革性分子前沿科学中心等，会聚了一批敢闯无人区、敢啃硬骨头的青年科技人才，已经产出了一批原创性成果。
